Le Nazioni Unite promossero un armistizio e la firma di un trattato di pace; Rahmon vinse le elezioni presidenziali del 1999 e l'IRP ottenne il 30% dei voti alle elezioni politiche diventando di fatto il secondo partito della Nazione.
Il presidente Rahmon, il leader dell'opposizione unita Sayid Abdulloh Nuri e il rappresentante speciale del segretario delle Nazioni Unite Gerd Merrem posero fine alla guerra civile firmando, il 27 giugno 1997, il "trattato sul mantenimento della pace e dell'accordo in Tagikistan" e il "protocollo di Mosca"[4].